Il est vrai que mon projet se praitait bien l’utilisation de logiciels libres pour plusieurs raisons dont le fait que le logiciel propriétaire d’analyse n’était plus mis à jour par la compagnie et, à mon avis, fonctionait très mal. Mais ce n’est pas le cas pour tous les projets de recherche et tous les types d’images.

A+

Rédaction d’article :
OpenOffice avec JabRef pour la gestion de la bibliographie.

Affiche scientifique :
Deux ou trois fois par année je dois concevoir une affiche 125cm x 90 cm pour présenter mes principaux résultats. Dans ce cas j’utilise Scribus pour la mise en page et Inkscape pour réaliser les schémas que j’importe dans scribus.

Mise en page de résultats (graphique et photos);
Inkscape est probablement le logiciel qui m’est le plus utile pour mettre en page mes résultats. Il possède un outil d’alignement (et distribution) qui fonctionne très bien, il importe les formats tous les logiciels propriétaires que j’utilise sans problèmes avec le PDF. C’est simple, rapide et efficace.

Autre :
Je me sert également de GIMP et ImageJ pour le traitement et l’analyse d’image de microscopie par exemple.

Utilisation dont je suis le plus fier :

Je prends des photos de cellules en microscopie à fluorecence (j’utilise une sonde fluorescente qui cible le calcium) sur 2 longeurs d’onde différentes à tous les 0,5 seconde. En gros, le ratio des 2 images permet de calculer la concentration en calcium dans la cellule. Je sauvegarde donc l’image du ratio tous les 0,5 secondes, ce qui me fait beaucoup d’images. Pour le reste de l’analyse, j’utilise des logiciels libres. Par exemple, il est utile d’utiliser une échelle de couleur pour la concentration en calcium. À l’aide d’un script PERL, j’utilise ImageMagick qui change les images ratios qui sont en niveaux de gris vers la couleur qui correspond à la bonne concentration sur mon échelle de calcium (pour tous les pixels de l’image et pout tous les images !).

Il y a aussi le cas où je veux mesurer la variation de la concentration dans différentes régions de mes cellules. Pour y arriver, j’ouvre une image avec Inkscape et je trace un carré autour de toutes les régions que je veux mesurer et je sauvegarde en svg qui est un format XML qui contient l’emplacement et la grandeur de mes carrées. Ensuite avec un script PERL et ImageMagick, je calcule les concentrations dans le temps pour chacunes des régions et je sauvegarde les données dans le format XLS que je peux ouvrir avec Gnumeric et exporter des graphiques en SVG vers Inkscape pour la mise en page finale. Le cript Perl me fait aussi un masque de calque contenants mes carrés numérotés dans l’ordre que j’utilise pour identifier les régions mesurées sur mes images de microscopie.

Toutefois, il est difficile d’initier mes collègues aux logiciels libres. Ils ont l’impression que s’ils sont gratuit et non fait par des compagnies c’est dangereux de les utiliser (virus et compagnie !?) ou encore que c’est tout simplement mauvais ! Comme l’université a les licenses pour une bonne gamme de logiciels, ça ne favorise pas l’utilisation de logiciels libres. Il arrive que je rencontre des bugs (ils y en a aussi dans les logiciels propriétaires), mais un simple rapport de bug permet d’avoir une correction souvent très rapidement.

Merci pour tes compliments! T’es scientifique?

J’en profite pour te remercier pour ce site qui contient pleins d’infos pratiques pour quelqu’un qui n’est pas un artiste comme moi, mais qui travaille avec le calcium avec un i

Parlant de Scribus, il m’a été très utile cette semaine pour créer un document contenant des figures eps qui causaient des problèmes lors de la sauvegarde en pdf sur les outils Adobe d’une de mes collègues. Il est vraiment bien ce logiciel.